蘇研院
分析中心介紹
定量蛋白組分析
目前定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)主要分為標(biāo)記（Label）和非標(biāo)記的（Label Free）定量策略，其中標(biāo)記策略又分為體內(nèi)標(biāo)記（如 SILAC、15^N 標(biāo)記），以及體外標(biāo)記（如 iTRAQ、TMT 標(biāo)記）。
采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF質(zhì)譜平臺(tái)，Orbitrap Fusion質(zhì)譜平臺(tái)，Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，為廣大科研工作者提供以下檢測服務(wù)：
基于Label Free的定量蛋白組分析
基于標(biāo)簽的蛋白質(zhì)定量技術(shù)-iTRAQ，TMT， SILAC
DIA定量蛋白質(zhì)組學(xué)
半定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析
2D-DIGE定量蛋白質(zhì)組學(xué)
SWATH定量蛋白組學(xué)服務(wù)
靶向蛋白質(zhì)組學(xué)
靶向蛋白組學(xué)定量技術(shù)主要包括MRM（multiple reaction monitoring）和PRM（parallel reaction monitoring）。MRM也稱為SRM（selected reaction monitoring），使用三重四級桿質(zhì)譜（QQQ-MS）對符合目標(biāo)離子規(guī)則的信號進(jìn)行采集，從而實(shí)現(xiàn)目標(biāo)蛋白質(zhì)的相對或定量。PRM衍生于MRM，結(jié)合了四級桿的高選擇性以及Orbitrap的高分辨和高精度的特性，在對選定的母離子進(jìn)行裂解后會(huì)測量所有的碎片離子，具有更好的檢測靈敏度和抗干擾能力。
高通量質(zhì)譜平臺(tái)提供靶向蛋白質(zhì)組學(xué)分析服務(wù)：
平行反應(yīng)監(jiān)測PRM服務(wù)
MRM/PRM定量蛋白組學(xué)分析
定量分析（AQUA）
翻譯后修飾蛋白組分析
蛋白質(zhì)翻譯后修飾（PTMs）是指蛋白質(zhì)在翻譯中或翻譯后的化學(xué)修飾過程。蛋白質(zhì)翻譯后修飾（PTMs）通過給蛋白質(zhì)添加磷酸酯、乙酸酯、酰胺基或甲基等官能團(tuán)增加蛋白質(zhì)組的功能多樣性，并影響正常細(xì)胞生物學(xué)和發(fā)病機(jī)理的幾乎所有方面。蛋白質(zhì)翻譯后修飾在許多細(xì)胞過程中起著關(guān)鍵作用，如細(xì)胞分化、蛋白質(zhì)降解、信號傳導(dǎo)和調(diào)節(jié)過程、基因表達(dá)調(diào)節(jié)以及蛋白質(zhì)相互作用。蛋白質(zhì)翻譯后修飾PTMs通常包括磷酸化、糖基化、泛素化、亞硝基化、甲基化、乙?；?、脂質(zhì)化和蛋白水解。因此，PTM的特征（包括修飾類別和修飾位點(diǎn)）在細(xì)胞生物學(xué)以及疾病診斷和預(yù)防研究中至關(guān)重要。
磷酸化定量蛋白組學(xué)研究
乙酰化定量蛋白組研究
泛素化定量蛋白組學(xué)研究
糖基化定量蛋白組學(xué)研究
甲基化定量蛋白組學(xué)研究
?；康鞍踪|(zhì)組研究
蛋白質(zhì)SUMO化鑒定
S-亞硝基化分析
組蛋白翻譯后修飾分析
蛋白二硫鍵鑒定和定量分析
基于Top down自上而下法的PTMs表征
4D蛋白質(zhì)組學(xué)
目前，蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析一般是根據(jù)保留時(shí)間（retention time）、質(zhì)荷比（m/z）、離子強(qiáng)度（intensity）這三個(gè)維度對肽蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定和定量，即3D蛋白質(zhì)組學(xué)。4D蛋白質(zhì)組學(xué)在3D蛋白質(zhì)組學(xué)的基礎(chǔ)之上增加了第四維度，離子淌度（mobility），主要根據(jù)離子的形狀和截面對離子進(jìn)行分離，能夠區(qū)分m/z差值非常小的肽段，使低豐度蛋白信號能夠被區(qū)分和識(shí)別出來。
提供基于timsTOF Pro的4D蛋白質(zhì)組學(xué)研究服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。
多肽組學(xué)
多肽組學(xué)分析的目的不僅是要鑒定并驗(yàn)證所研究的生物樣品中的所有內(nèi)源性肽，還包括比較特定生化過程中目標(biāo)肽的表達(dá)水平。而借助質(zhì)譜技術(shù)，可實(shí)現(xiàn)對目標(biāo)肽無偏差的分析。質(zhì)譜技術(shù)用于多肽組學(xué)的分析可以實(shí)現(xiàn)樣品中多肽的定性和定量。
采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合nanoLC-MS/MS納升色譜，提供以下多肽組學(xué)分析服務(wù)：
肽純度分析
多肽組學(xué)分析
多肽生物標(biāo)志物鑒定
多肽質(zhì)譜鑒定
樣品蛋白質(zhì)組學(xué)
蛋白質(zhì)組學(xué)的常見樣品包括細(xì)胞樣品、組織樣品和體液樣品。細(xì)胞樣品包括動(dòng)物細(xì)胞、植物細(xì)胞和真菌、細(xì)菌等微生物細(xì)胞，組織樣品包括動(dòng)物組織和植物組織，體液樣品包括血清、血漿和尿液等。此外，蛋白質(zhì)組學(xué)研究的樣品可以是來自蛋白質(zhì)膠點(diǎn)、膠條、IP或Co-IP樣品、石蠟包埋樣品、外泌體、亞細(xì)胞等等。
外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)
可以完成包括，從外泌體分離到蛋白質(zhì)鑒定和蛋白質(zhì)定量的整個(gè)流程?？梢詫?shí)現(xiàn)多種類型樣品中外泌體的分離，包括血漿/血清、腦脊液、唾液、鼻涕、尿液、膽汁、細(xì)胞培養(yǎng)基等。
亞細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)
提供亞細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)分析服務(wù)，包括定性和定量分析膜蛋白質(zhì)組、線粒體蛋白質(zhì)組、組蛋白、葉綠體蛋白質(zhì)組等等。
細(xì)胞表面蛋白質(zhì)組學(xué)
提供專業(yè)全面的細(xì)胞表面蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)，用于細(xì)胞表面蛋白質(zhì)組的鑒定和定量，包括從細(xì)胞表面蛋白提取到蛋白質(zhì)鑒定和蛋白質(zhì)定量等質(zhì)譜分析的整個(gè)流程。
蛋白質(zhì)組學(xué)分析策略
蛋白質(zhì)組學(xué)分析包括分析蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能、翻譯后修飾情況、蛋白質(zhì)定位、蛋白質(zhì)表達(dá)情況以及蛋白質(zhì)間的相互作用等等。基于不同的分析內(nèi)容可以采用不同的蛋白質(zhì)組學(xué)分析技術(shù)和分析策略。
基于Top down自上而下蛋白質(zhì)組學(xué)
DIA-PRM蛋白質(zhì)組學(xué)
PCT-DIA蛋白質(zhì)組學(xué)
蛋白質(zhì)組學(xué)生物信息學(xué)分析
基于生物信息分析方法的研究進(jìn)展，建立蛋白組數(shù)據(jù)生物信息學(xué)分析平臺(tái)，提供一整套的生物信息學(xué)解決方案包括：組學(xué)數(shù)據(jù)的質(zhì)量分析、組學(xué)數(shù)據(jù)的差異表達(dá)分析、差異表達(dá)蛋白GO、KEGG、COG注釋分析、蛋白質(zhì)聚類分析、相互作用網(wǎng)絡(luò)等多層次網(wǎng)絡(luò)和通路的分析。同時(shí)我們可以根據(jù)客戶的要求和參考文獻(xiàn)提供定制化的生物信息學(xué)分析服務(wù)，從高通量的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)生物學(xué)知識(shí)，幫助客戶進(jìn)行藥物設(shè)計(jì)、毒性分析和疾病標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)。
蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定
提供以下蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定服務(wù)：
1. 對純化蛋白進(jìn)行蛋白質(zhì)質(zhì)譜分析/質(zhì)譜鑒定；
2. 對蛋白膠點(diǎn)，蛋白質(zhì)膠條質(zhì)譜鑒定，蛋白銀染膠質(zhì)譜鑒定，考染/熒光/Zn/Cu2+等類型染色的膠點(diǎn)/膠條樣品進(jìn)行鑒定；
3. 對pull-down蛋白質(zhì)譜鑒定、IP蛋白互作的IP-MS互作蛋白鑒定、Co-IP質(zhì)譜驗(yàn)證互作蛋白，免疫共沉淀結(jié)合質(zhì)譜驗(yàn)證，等簡單混合物樣品中的蛋白樣品進(jìn)行蛋白質(zhì)鑒定/分析；
4. 對復(fù)雜樣品中的未知蛋白質(zhì)進(jìn)行蛋白質(zhì)譜分析/蛋白質(zhì)譜鑒定。即使是非常低濃度的蛋白樣品也可能通過蛋白質(zhì)譜鑒定。
糖組學(xué)分析服務(wù)
糖組學(xué)是指在組學(xué)水平上收集、分析和利用糖苷的生物學(xué)數(shù)據(jù)。脂質(zhì)和蛋白質(zhì)糖基化的深遠(yuǎn)生物學(xué)效應(yīng)使糖組學(xué)成為生命科學(xué)的重要領(lǐng)域。N糖譜分析（對所有聚糖的綜合研究）是基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)研究的一個(gè)好的補(bǔ)充。在細(xì)胞或生物體水平上的糖組學(xué)研究可用于提供有關(guān)糖組、糖蛋白、脂質(zhì)或其他類型生物分子的總糖基化模式的一般概述。糖組學(xué)分析可用于比較兩種糖工程改造的宿主菌株在治療性糖蛋白生產(chǎn)方面的差異，或?qū)Σ煌A段的疾病數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，從而發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)志物等。
該服務(wù)可用于鑒定血漿/血清、細(xì)胞、組織或生物體表達(dá)的全部N-糖。所有與蛋白質(zhì)連接的聚糖都將通過酶消化水解，通過親水色譜法分離后，使用MALDI-TOF MS系統(tǒng)進(jìn)行定量分析。
代謝組學(xué)
代謝組學(xué)（英語：metabolomics）是對細(xì)胞、生物流體、組織或生物體內(nèi)的小分子（通常稱為代謝物，metabolites）的大規(guī)模研究。這些小分子及其在生物系統(tǒng)中的相互作用統(tǒng)稱為代謝組。能夠?qū)ι飿颖局械拇x物進(jìn)行全面分析的一項(xiàng)新興技術(shù)，被定義為代謝組學(xué)技術(shù)。
代謝組學(xué)分析方案包括：
氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用 (GC-MS): 常用于水溶性代謝物（需要衍生化）、部分脂類和有機(jī)酸的靶向分析。
液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用 (LC-MS): 非靶向代謝組學(xué)，靶向代謝組學(xué)，非靶向脂質(zhì)組學(xué)，靶向脂質(zhì)組學(xué)。常用于氨基酸、糖類、醇類、有機(jī)酸、胺類、TCA循環(huán)中間體等水溶性小分子以及脂質(zhì)大分子的靶向和非靶向分析
核磁共振法 (NMR Spectroscopy): 常用于簡單樣品或純化樣品的的物質(zhì)鑒定和分析
*除血液，血清等易處理樣品外，來自細(xì)胞、組織或細(xì)菌等樣品均可進(jìn)行代謝組學(xué)分析。
蛋白質(zhì)組學(xué)與代謝組學(xué)整合分析
蛋白質(zhì)組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。代謝組是一種細(xì)胞乃至一種生物所有代謝物的集合。代謝物的產(chǎn)生和代謝是一系列調(diào)節(jié)事件的終結(jié)果，蛋白質(zhì)組引起的功能改變會(huì)在代謝層面放大。將生物樣本進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)整合分析，可以相互驗(yàn)證和相互補(bǔ)充，從而更系統(tǒng)全面地解析生物分子功能和調(diào)控機(jī)制，實(shí)現(xiàn)對生物變化大趨勢及方向的了解。
蛋白質(zhì)組學(xué)定性及定量服務(wù)，多種樣品靶向和非靶向代謝組學(xué)分析服務(wù)，結(jié)合可定制化的生物信息學(xué)分析方法，為您提供從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、樣品檢測、到數(shù)據(jù)分析的一站式蛋白質(zhì)組學(xué)與代謝組學(xué)整合分析服務(wù)，可滿足多種檢測需求。
脂質(zhì)組學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)整合分析
脂質(zhì)組學(xué)是代謝組學(xué)的一個(gè)重要分支，是對生物體、組織或細(xì)胞中的脂質(zhì)以及與其相互作用的分子進(jìn)行全面系統(tǒng)的分析、鑒定，了解脂質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，進(jìn)而揭示脂質(zhì)代謝與生命活動(dòng)的關(guān)系的科學(xué)。蛋白質(zhì)組學(xué)是從整體水平上分析一個(gè)生物體、組織或細(xì)胞中的蛋白質(zhì)組成及其活動(dòng)規(guī)律的科學(xué)。整合脂質(zhì)組學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)對生物樣本進(jìn)行研究，可以更系統(tǒng)全面地解析生物分子功能和調(diào)控機(jī)制，篩選重點(diǎn)生物通路或者基因、脂質(zhì)代謝產(chǎn)物及蛋白酶等進(jìn)行后續(xù)深入研究與應(yīng)用。
采用先進(jìn)的串聯(lián)質(zhì)譜儀和分析軟件，可提供定制檢測方案，快速精確的分析服務(wù)，幫助客戶進(jìn)行脂質(zhì)代謝組學(xué)檢測，與可提供多種蛋白質(zhì)組學(xué)的定量和定性服務(wù)的Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合nanoLC-MS/MS納升色譜，結(jié)合可定制化的生物信息學(xué)分析方法進(jìn)行整合，提供從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、樣品檢測、數(shù)據(jù)分析一站式脂質(zhì)組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)整合分析服務(wù)，可滿足多種檢測需求。
翻譯后修飾蛋白質(zhì)組與代謝組整合分析
采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合nanoLC-MS/MS納升色譜，將磷酸化/糖基化/泛素化/乙酰化/甲基化/二硫鍵/亞硝基化等翻譯后修飾鑒定服務(wù)，多種樣品靶向和非靶向代謝組學(xué)分析服務(wù)，結(jié)合可定制化的生物信息學(xué)分析方法進(jìn)行整合，為廣大科研工作者提供基于質(zhì)譜的翻譯后修飾蛋白質(zhì)組與代謝組整合分析服務(wù)。
